BIOTECNOLOGIE PER IL MIGLIORAMENTO GENETICO DELLE SPECIE ARBOREE

Modulo APPROCCI BIOINFORMATICI PER L’ANALISI DI CARATTERI DI INTERESSE AGRONOMICO

Conoscenza e capacità di comprensione (Knowledge and understanding abilities): Lo studente acquisirà conoscenze specifiche sull'analisi informatica di dati biologici applicate al miglioramento genetico delle specie frutticole.

Capacità di applicare conoscenza e comprensione (Applying knowledge and understanding abilities): Lo studente sarà in grado di produrre ed interpretare dati genetici da impiegare in piani di miglioramento, gestione e salvaguardia delle specie frutticole dell'area del Mediterraneo;  

Autonomia di giudizio (making judgements): Le conoscenze e competenze acquisite durante il corso ed in particolare le attività, di approfondimento individuale di alcune tematiche, e l’analisi critica della letteratura permetteranno allo studente di raggiungere autonomia di giudizio e capacità studiare e  di operare  autonomamente.

Abilità comunicative (communication skills): Le lezioni frontali, le altre attività e lo studio individuale su materiale didattico selezionato permetteranno allo studente di acquisire le basi del linguaggio tecnico, anche in lingua inglese. Lo studente sarà stimolato all’utilizzo del corretto linguaggio tecnico nelle discussioni in aula, così come durante le altre attività.   La proprietà di linguaggio tecnico concorre alla valutazione finale dello studente.

Capacità di apprendimento (learning skills): Nel corso dell'insegnamento l'attività di raccolta ed esame della letteratura scientifica e di stesura di report scientifici hanno lo scopo di preparare lo studente al lavoro autonomo e all'analisi critica della letteratura. Tali capacità risultano utili per la preparazione della tesi di laurea, per la stesura di buon progetto di ricerca per accesso al dottorato e per l’aggiornamento continuo delle conoscenze e delle abilità necessarie alla professione.

Si consiglia la conoscenza di principi di genetica vegetale e di metodologie biomolecolari

Introduzione alla bioinformatica

Genetica di popolazione (PCA, Structure, Admixture analysis, Alberi filogenetici)

Tecniche di sequenziamento

Assemblaggio di genomi:

- Valutazione della qualità degli assemblaggi: metriche, analisi del coverage e BUSCO.

Trascrittomica

- Analisi RNA-Seq

Identificazione in silico di polimorfismi: SNP, Varianti Strutturali, INDELs, SSR

Materiale didattico fornito dal docente [2]

Esame orale. In particolare verrà valutata la pertinenza delle risposte rispetto alle domande formulate, la qualità dei contenuti, la capacità di collegamento con altri temi oggetto del programma, la capacità di riportare esempi, la proprietà di linguaggio tecnico e la capacità espressiva complessiva dello studente.

La verifica dell’apprendimento potrà essere effettuata anche per via telematica, qualora le condizioni lo dovessero richiedere.

Learning assessment may also be carried out on line, should the conditions require it.

La verifica dell'apprendimento avviene attraverso colloquio orale. La valutazione della preparazione dello studente avverrà sulla base dei seguenti criteri: capacità di apprendimento e livello di approfondimento degli argomenti trattati, proprietà di sintesi e esposizione, e capacità di ragionamento dello studente.

La votazione segue il seguente schema:

Non idoneo

Conoscenza e comprensione argomento: Importanti carenze. Significative imprecisioni

Capacità di analisi e sintesi: Irrilevanti. Frequenti generalizzazioni. Incapacità di sintesi

Utilizzo di referenze: Completamente inappropriato

18-20

Conoscenza e comprensione argomento: A livello soglia. Imperfezioni evidenti

Capacità di analisi e sintesi: Capacità appena sufficienti

Utilizzo di referenze: Appena appropriato

21-23

Conoscenza e comprensione argomento: Conoscenza routinaria Capacità di analisi e sintesi: E’ in grado di analisi e sintesi corrette. Argomenta in modo logico e coerente

Utilizzo di referenze: Utilizza le referenze standard

24-26

Conoscenza e comprensione argomento: Conoscenza buona

Capacità di analisi e sintesi: Ha capacità di analisi e di sintesi buone. Gli argomenti sono espressi coerentemente

Utilizzo di referenze: Utilizza le referenze standard

27-29

Conoscenza e comprensione argomento: Conoscenza più che buona

Capacità di analisi e sintesi: Ha notevoli capacità di analisi e di sintesi

Utilizzo di referenze: Ha approfondito gli argomenti

30-30L

Conoscenza e comprensione argomento: Conoscenza ottima

Capacità di analisi e sintesi: Ha notevoli capacità di analisi e di sintesi.

Utilizzo di referenze: Importanti approfondimenti.