Fornire una conoscenza approfondita dei principali approcci bioinformatici per l'analisi di dati genomici e trascrittomici nel settore delle produzioni frutticole. In particolare, verranno trattati, attraverso lezioni frontali ed eserciatazioni, i principali metodi per l'analisi della genetica di popolazione, l'identificazione di regioni di interesse in un genoma (e.g.: geni candidati), l'allinemanto di reads su un genoma di riferimento e l'dientifcazione di marcatori molecolari in silico. 

In dettaglio, con riferimento ai Descrittori di Dublino, il corso si propone di fornire le seguenti conoscenze e capacità.

Conoscenza e capacità di comprensione: 

Lo studente acquisirà conoscenze specifiche sulla bioinformatica applicate al miglioramento genetico delle specie frutticole.

 Capacità di applicare conoscenza e comprensione: 

Lo studente sarà in grado di analizzare dati genomici high-throughut attraverso l'utilizzo di software e/o pipeline bioinformatiche, con esempi pratici relativi alle specie frutticole dell'area del Mediterraneo.

Autonomia di giudizio: 

Le conoscenze e competenze acquisite durante il corso ed in particolare le attività, di approfondimento individuale di tematiche legate alla bioinformatica applicata alle specie arboree, e l’analisi critica della letteratura permetteranno allo studente di raggiungere autonomia di giudizio e capacità studiare e  di operare autonomamente.

Abilità comunicative:

Comunicare in modo accurato informazioni tecniche e scientifiche, utilizzando una terminologia appropriata relativa ai principali approcci bioinformatici su specie arboree da frutto.

Interpretare e comunicare informazioni provenienti dalla letteratura scientifica, da rapporti tecnici e da dati sperimentali.

Presentare e discutere tematiche tecniche riguardanti l'analisi e l'interpretazione di dati omici in specie arboree da frutto.

Capacità di apprendimento:

Individuare autonomamente e valutare criticamente fonti scientifiche e tecniche relative ai principali approcci bioinformatici in specie arboree da frutto.

Acquisire e aggiornare autonomamente le proprie conoscenze riguardo alle problematiche emergenti, alle tecnologie e alle innovazioni nelle analisi omiche e nell'analisi di dati bionformatici.

Utilizzare efficacemente la letteratura scientifica e le risorse digitali a supporto dell'apprendimento autonomo e della risoluzione di problemi.

Tali capacità risultano utili per la preparazione della tesi di laurea, per la stesura di buon progetto di ricerca per accesso al dottorato e per l’aggiornamento continuo delle conoscenze e delle abilità necessarie alla professione.

Qualora l’insegnamento venisse impartito in modalità mista o a distanza potranno essere introdotte le necessarie variazioni rispetto a quanto sopra dichiarato, al fine di rispettare il programma previsto e riportato nel presente syllabus.

1) Introduzione alla bioinformatica

2) Approcci bioinformatici per l'analisi dei marcatori molecolari e per l'analisi QTL

3) Identificazione in silico di polimorfismi: SNP, Varianti Strutturali, INDELs, SSR

4) Tecniche di sequenziamento e assemblaggio di genomi:

- Valutazione della qualità degli assemblaggi: metriche, analisi del coverage e BUSCO.

5) Trascrittomica: Analisi ed interpretazione di esperimenti di RNA-Seq

6) Genetica di popolazione (PCA, Structure, Admixture analysis, Alberi filogenetici)

Materiale didattico fornito dal docente [2]

Il candidato / la candidata illustri i passaggi logici per l'assemblaggio di un genoma 

Il candidato / la candidata illustri le principali tecniche per lo studio della variaiblità genetica all'interno di una collezione di germoplasma

il candidato / la candidata descriva le caratteristiche di un variant calling format file.